Au championnat Auxerre a finis à la huitième position avec 52 points et une différence de but de +1. Auxerre n'est donc pas qualifié pour la coupe de l'UEFA cette année grâce au championnat.
Guy Roux a utilisé 24 joueurs différents pour cette saison en championnat:
Cool(38), Violeau(36), Akalé(31), Benjani(31), Kalou, Mathis, Pieroni(30), Cheyrou(29), Bolf(28), Jaurès(27), Sagna, Tainio(26), Lachuer, Mignot(24), Grichting(22), Kaboul(13), Radet(12), Gonzales(10), Recorbet(7), Vandenbossche(6), Diaby(5), Coulibaly,Dufour, Hamel(1)
Auxerre a finis deuxième club fair-play, derrière Lyon, avec 59 cartons jaunes.
Auxerre remporte la coupe de France:
en battant Calais_Vannes_Paris_Boulogne sur mer_Nîmes_Sedan
Auxerre est aller en quart de finale de la coupe de la ligue
en battant Rennes et Nantes pour ensuite perdre contre Caen(finaliste malheureux)
Auxerre est allé en quart de finale de la coupe UEFA en battant
Aalborg (1-1)/(0-2), dans la phase de groupe le club a finit à la deuxième place derrière AZ'67 Alkmaar et devant Graz AK, Glasgow Rangers et Amica Wroncki.
en 16° de finale
Ajax-Auxerre (1-0)/(1-3)
en 8° de finale
Lille-Auxerre (0-1)/(0-0)
en quart de finale
CSKA Moscou-Auxerre (4-0)/(0-2)